Conférence LIMNA sur le métabolisme

Vue du lac et des Alpes depuis Montreux
Vue du lac et des Alpes depuis Montreux

Montreux, le 17 mars 2014

1st Symposium of the Pôle Thématique de Recherche (PTR) Métabolisme-Nutrition-Vieillissement

LIMNA

Lausanne Integrative Metabolism and Nutrition Alliance

La journée commence avec gaieté avec une boutade d’un invité d’honneur, Grahame Hardie, de l’université de Dundee en Ecosse. A la question – rhétorique – d’en quoi consiste le métabolisme d’une cellule, le professeur réplique : à AMPK ! Ce qui semble extrêmement réductionniste devient en fait de plus en plus réaliste au fur et à mesure de la présentation. En effet, cette protéine kinase activée par l’AMP (AMP-activated kinase, AMPK) semble s’occuper de tout ce qui concerne la régulation de l’équilibre énergétique de la cellule.

Dans une cellule saine et non stressée, la concentration élevée d’ATP inhibe l’activité d’AMPK. En cas de stress, qui peut être causé par des poisons, une privation de glucose, la contraction musculaire, la prolifération rapide des cellules, la concentration d’ATP diminue et son hydrolyse provoque l’augmentation de la concentration d’ADP. L’équilibre entre l’ADP et l’AMP est tiré vers ce dernier, ce qui va finalement activer l’AMPK, simple non ? L’AMPK va ensuite activer le catabolisme pour refournir les stocks d’ATP.

Structure tridimensionnelle de l’AMPK : un résidu thréonine est phosphorylé par LKB1 et CaMKKβ (ce dernier activé par le Ca2+. L’AMPK contient des sous-unités α (1/2), β (1/2) et (1/2/3).

AMPK est le vrai chef d’orchestre du métabolisme cellulaire. Il va activer l’absorption du glucose, la glycolyse (ce processus qui transforme le glucose en pyruvate afin de produire de l’ATP), l’oxydation des acides gras, l’autophagie, la mitophagie, le métabolisme oxydatif et la biogenèse de mitochondries. L’AMPK a aussi des effets inhibiteurs, entre autres sur la synthèse du cholestérol, des triglycérides, des phospholipides, du glycogène, de l’ARN ribosomique, des protéines et la réplication de l’ADN. La levure du boulanger (Saccharomyces cerevisiae) a elle aussi un gène codant pour AMPK. Cet orthologue est nécessaire pour la croissance sur une source de carbone autre que le glucose ainsi que pour passer de la fermentation à un métabolisme oxydatif lorsque le glucose devient rare.

L’AMPK est régulé par des hormones et des cytokines. La leptin, cette hormone de la satiété, inhibe AMPK dans l’hypothalamus mais l’active dans les muscles.

L’AMP active AMPK de manière allostérique, c’est-à-dire que l’AMP va se lier sur AMPK à un endroit de la structure qui n’est pas le site active d’AMPK. Cette liaison favorise la phosphorylation activatrice de la thréonine d’AMPK par LKB1 et inhibe sa déphosphorylation, cette fois-ci par une phosphatase encore inconnue.

Le prof. Hardie parle ensuite de la berbérine, cette molécule dérivée d’une plante utilisée dans la médecine chinoise traditionnelle. C’est un inhibiteur mitochondrial et ce faisant, elle diminue la production d’ATP, augmente la concentration d’AMP, ce qui va in fine activer AMPK et aider l’homéostasie du glucose. Ce qui nous amène au sujet d’AMPK en tant que cible thérapeutique dans le diabète de type 2. En promouvant l’absorption du glucose et son oxydation, l’activation d’AMPK dans le muscle diminuerait la glycémie :

  1. Médicaments qui inhibent les mitochondries et augmentent ainsi l’AMP cellulaire (metformine, phenformine, resveratrol, berbérine)
  2. Médicaments se transformant en analogues de l’AMP :
    1. AICAR → ZMP (analogue de l’AMP qui active AMPK
    2. C13 → C2 (par des estérases cellulaires)
    3. Médicaments se liant directement à AMPK : A-769662 (Abbott), 991 (Merck), MT 63-78 (Mercury), salicylate

La metformine inhibe le complexe I de la chaîne respiratoire des mitochondrie et ainsi, par l’augmentation de l’AMP cellulaire, inhibe AMPK.

AMPK : un suppresseur de tumeurs sous-régulé dans beaucoup de cancers

Non seulement AMPK joue un rôle central dans l’homéostasie du glucose, mais en plus il semble nous protéger du cancer. Ces deux effets à première vue complètement différents ne le sont en réalité pas vraiment lorsqu’on considère que les tumeurs sont très gourmandes en glucose. AMPK, par l’activation de l’absorption de glucose par les cellules va-t-il baisser la glycémie et ainsi priver les cellules cancéreuses de ce nutriment si chéri ? Plusieurs observations en tous cas soutiennent la candidature d’AMPK pour le poste de suppresseur de tumeurs :

  1. Dans la maladie génétique rare du nom de syndrome de Peutz-Jeghers, LKB1, la kinase phosphorylant et activant AMPK, est mutée. Les patients développent des polypes intestinaux appelés hamartomes, ainsi que des tumeurs malignes en d’autres endroits du corps
  2. L’activation d’AMPK inhibe la croissance cellulaire et cause l’arrêt du cycle cellulaire
  3. Les patients diabétiques traités avec la metformine ont une incidence plus base de cancer
  4. AMPK est sous-régulé dans les tumeurs, et ce par plusieurs mécanismes :
    1. Perte génétique de LKB1
    2. Réduction de l’expression de AMPK-α2
    3. Hyperactivation du pathway Akt, e.g. perte de PTEN ou mutations activatrices dans la kinase PI-3

On comprend maintenant pourquoi le prof. Hardie a commencé sa présentation par dire que le métabolisme cellulaire se résumait à AMPK ! Même si ce n’est qu’une boutade, nous ne pouvons que restés émerveillés par cette protéine extraordinaire qui est au centre de l’homéostasie énergétique, non seulement de la cellule, mais de l’organisme entier.

Cristian Riccio

Séchage de gel en polyacrylamide

Le séchage de gel en polyacrylamide permet la conservation sur le long terme de gels SDS-PAGE. Pour cela, il faut une solution pour le séchage des gels (4% glycérol, 20% éthanol), deux feuilles de cellophane, un bac, un gel, un couteau pour couper les puits du gel, une plaque en plastique, un cadre en plastique (cf. photos) et des clips.

Pendant toute la procédure, évitez de créer des bulles d’air entre les feuilles de cellophane et le gel !

1.Tremper le gel et les deux feuilles en cellophane dans le bac rempli de solution de séchage de gel (gel drying solution). Laisser 5 minutes au moins.

2. Poser la plaque sur la table.

3. Couvrir le cadre plein d’une feuille de cellophane imprégnée de solution de séchage de gel.

4. Poser le gel, dont les puits ont été coupés, sur la feuille de cellophane.

5. Recouvrir, en essayant d’éviter des bulles, le gel avec l’autre feuille de cellophane imprégnée de solution pour le séchage des gels.

6. Poser le cadre sur le tout et fermer avec des clips.

7. Laisser sécher près d’une fenêtre au moins 48h.

Solution de séchage
Solution de séchage
Coupure des puits
Coupure des puits
Couverture du gel par une feuille de cellophane.
Couverture du gel par une feuille de cellophane.
Couverture du gel par une feuille de cellophane. Une plasque se trouve sous mes mains et un cadre se trouve à l'arrière de l'image
Couverture du gel par une feuille de cellophane. Une plaque se trouve sous mes mains et deux cadres se trouvent à l’arrière de l’image

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Fermeture du sandwich avec des clips
Fermeture du sandwich avec des clips
Séchage à la fenêtre pendant au moins deux jours.
Séchage à la fenêtre pendant au moins deux jours.

Test d’expression de protéine à petite échelle

Lausanne, le 28 février 2014

Souvent, lorsqu’on travaille avec une nouvelle construction plasmidique (construct), nous voulons vérifier que les bactéries qui ont incorporé le plasmide produisent bel et bien la protéine dont le gène se trouve sur le plasmide. Pour cela, il est conseillé d’effectuer un test d’expression de protéine à petite échelle avant de passer à une échelle plus grande, nécessaire à la production d’une quantité importante de protéine. Dans le cas où la protéine n’est pas exprimée, cela peut indiquer un problème avec le plasmide ou bien que la protéine est dégradée (en particulier dans le cas d’une expression dans des cellules eucaryotes, où le protéasome dégrade les protéines mal pliées) et il faut résoudre ce problème avant de passer à une expression à grande échelle.

Point de départ de l’expérience: colonies sur boîte d’agar.

Point d’arrivée: gels de polyacrylamide produits par SDS-PAGE et indiquant le degré d’expression de la protéine.

Marche à suivre

1. Choisir une ou plusieurs colonies en essayant d’éviter les colonies satellites (cf. lexique pour définition).  Choisir plusieurs colonies augmente les chances d’obtenir au moins un résultat positif. Les étapes suivantes sont décrites pour une colonie.

2. Inoculer 4 tubes de culture de 12 ml contenant 2 ml de milieu de culture LB + antibiotique à partir d’une seule colonie. En outre, il est conseillé d’avoir un contrôle négatif et un contrôle positif pour l’expression. Pour le contrôle positif, utiliser un stock de glycérol dont on sait qu’il exprime une protéine (n’importe laquelle) et pour le contrôle négatif utiliser des bactéries non transformées. Enfin, utiliser un tube supplémentaire inoculé avec n’importe quelle colonie. Ce tube servira à mesur la densité optique (DO) à 600 nm.

3. Incuber avec rotation à 37°C pendant quelques heures jusqu’à ce que la densité optique à 600 nm du tube supplémentaire atteigne au moins 0.6. A ce moment-là, les 4 tubes inoculés avec la même colonie prennent des chemins différents:

a. Un tube, marqué iNI37, reste à 37°C sans aucun traitment. i va de 1 au nombre de colonies sélectionnées.

b. Un autre tube, marqué iI37, est induit à l’IPTG (1 mM de concentration finale) et reste à 37°C.

c. Un troisième tube, marqué iNI18, est déplacé à 18°C.

d. Le dernier tube, enfin, marqué iI18, est induit avec de l’IPTG et déplacé à 18°C. C’est ce dernier tube qui donne normalement l’expression maximale, en raison de l’induction et du déplacement à 18°C. A cette dernière température, les bactéries cessent de se multiplier et peuvent focaliser leur énergie sur la production de la protéine d’intérêt.

4. Laisser incuber au moins 3,5 heures aux températures respectives. Si c’est très tard et que vous voulez rentrer à la maison absolument, vous pouvez aussi laisser incuber du jour au lendemain.

5. Après l’incubation, transférer 1 ml de culture dans un tube eppendorf de 1,5 ml.

6. Centrifuger 10 min à 15’000 rpm.

7. Jeter le surnageant.

8. Resolubiliser le culot dans 200 µl de BugBuster. Cette solution va lyser les cellules.

9. Centrifuger 10 min à 15’000 rpm.

10. Transférer le surnageant (la partie soluble) dans un autre eppendorf de 1,5 ml.

11. Aliquoter 30 µl de partie soluble dans un autre tube eppendorf contenant 30 µl de solution Lämmli 2x (solution de chargement pour le SDS-PAGE).

12. Resuspendre le culot (la partie insoluble) dans 50 µl de solution Lämmli 2x.

13. Chauffer les tubes contenant le Lämmli à 95°C pendant 5 min et charger dans des gels de polyacrylamide.

Il est aussi possible d’utiliser des erlenmeyer au lieu des tubes de culture.

 

Lexique

Colonie satellite: colonie de bactéries non transformées qui réussit à pousser sur de l’agar contenant de l’antibiotique en raison de la dégradation de l’antibiotique par une colonie voisine qui exprime la résistance à l’antibiotique et dégrade l’antibiotique qui l’entoure.

Solution de décoloration pour gels de polyacrylamide

Cette solution est utilisée après avoir coloré un gel de polyacrylamide au bleu de Coomassie. Il faut faire baigner le gel dans cette solution, chauffer 1 min au micro-ondes et laisser décolorer sur une plateforme en mouvement pendant quelques dizaines de minutes. Ensuite, jeter le liquide coloré dans l’évier et répéter jusqu’à obtention d’un gel suffisamment décoloré (jusqu’à ce que seules les bandes de protéines restent bleues).

Pour 2 litres:

– 1 litre d’EtOH (éthanol pur ou éthanol avec 5% de méthanol)

– 800 ml d’H20

– 200 ml d’acide éthanoïque (= acide acétique)

Si l’acide éthanoïque est à 80% -> verse 850 ml d’H20 et 250 ml d’acide éthanoïque à la place.