Dear all,

I have indexed the C. elegans reference genome with:

bwa index output/genome/ref/seq/celegans.fa

and then aligned my de novo assembly to the reference with:

bwa mem -t 8 -x intractg output/genome/ref/seq/celegans.fa input/assembly/celegans/hgap/bristol/assembly.fa > output/alignment/pacbio/bwa/ref/bristolAssembly.sam

I then

samtools view -bS output/alignment/pacbio/bwa/ref/bristolAssembly.sam > output/alignment/pacbio/bwa/ref/bristolAssembly.bam

samtools sort output/alignment/pacbio/bwa/ref/bristolAssembly.bam -o output/alignment/pacbio/bwa/ref/bristolAssemblySorted.bam

samtools index output/alignment/pacbio/bwa/ref/bristolAssemblySorted.bam

to visualise the alignment in IGV.

Aujourd’hui, nous allons découvrir comment tirer des pipettes utilisées en patch clamping, une technique du domaine de l’éléctrophysiologie. Pour cela, une machine qui tire les pipettes (les rend très pointues pour que la pointe puisse s’attacher à une cellule) est nécessaire. La machine en question est montrée en Fig. 1.

1. Ouvrir la protection en verre.
2. S’assurer que la manette est complètement tournée dans le sens des aiguilles d’une montre.
3. Insérer la pipette pour ne laisser qu’un centimètre sortir au dessus de la vis supérieure.
4. Insérer la pipette derrière la vis inférieure
5. Serrer les vis supérieure et inférieure.
6. Fermer la cage en verre.
7. Positionner le stoppeur à gauche.
8. Appuyer sur start.
9. La boucle va chauffer et affiner le cylindre en son milieu.
10. Attendre quelques secondes pour que le verre se resolidifie.
11. Utiliser la manette pour positionner la boucle au milieu de la partie affinée.
12. Déplacer le stoppeur à droite.
13. Appuyer sur start.
14. La boucle va chauffer et séparer le cylindre en deux pipettes pointues.
15. Ouvrir la cage en verre et sortir les pipettes inférieure puis supérieure. Les sortir sur le côté et attention à ne pas endommager la pointe.
16. Conserver les pipettes sur de la gomme d’architecte dans une boîte de Pétri (Fig. 2) ou passer au cirage (Fig. 3).

Remerciements

Merci au Dr. Ed Emery pour ses explications détaillées de la procédure.

Le séchage de gel en polyacrylamide permet la conservation sur le long terme de gels SDS-PAGE. Pour cela, il faut une solution pour le séchage des gels (4% glycérol, 20% éthanol), deux feuilles de cellophane, un bac, un gel, un couteau pour couper les puits du gel, une plaque en plastique, un cadre en plastique (cf. photos) et des clips.

Pendant toute la procédure, évitez de créer des bulles d’air entre les feuilles de cellophane et le gel !

1.Tremper le gel et les deux feuilles en cellophane dans le bac rempli de solution de séchage de gel (gel drying solution). Laisser 5 minutes au moins.

2. Poser la plaque sur la table.

3. Couvrir le cadre plein d’une feuille de cellophane imprégnée de solution de séchage de gel.

4. Poser le gel, dont les puits ont été coupés, sur la feuille de cellophane.

5. Recouvrir, en essayant d’éviter des bulles, le gel avec l’autre feuille de cellophane imprégnée de solution pour le séchage des gels.

6. Poser le cadre sur le tout et fermer avec des clips.

7. Laisser sécher près d’une fenêtre au moins 48h.

L’idée de créer un site internet dédiés à mes activités scientifiques est née de mes expériences nombreuses en recherche scientifique et dans l’enseignement. C’est un moyen de résumer la richesse que m’ont apportée ces expériences d’ici et d’ailleurs. Qui plus est, créer un site internet était en soi un défi que je voulais relever par curiosité et un prétexte pour apprendre de nouvelles habiletés et de nouveaux langages, tels que HTML, PHP, etc.

Dans ce site, encore à ses balbutiements, j’ai l’intention de poster des vidéos d’expérience en laboratoire afin de partager des techniques avec d’autres scientifiques, des vidéos éducatives dans les branches que j’ai enseignées à l’université et d’autres qui me tiennent à coeur: statistique, programmation, botanique, physique et autres. Une partie du site sera aussi dédiée à mes activités de bénévolat dans le cadre de projet environnementaux pour l’entretien des forêts.

Cristian Riccio